Hiện Khoa Công nghệ Thông tin đang triển khai các chương trình đào tạo Đại học Chính quy như sau:
1. Chương trình đào tạo Đại học Chính quy - Chương trình chuẩn
Được thành lập từ năm 1995, Khoa Công nghệ Thông tin - Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (ĐHQG-HCM) đã xây dựng và triển khai Chương trình đào tạo Đại học Chính quy chuẩn với sự đa dạng về ngành - chuyên ngành đào tạo đáp ứng nhu cầu phát triển của xã hội.
2. Cử nhân Tài năng
Từ năm 2002, Khoa Công nghệ Thông tin, trường Đại học Khoa học Tự nhiên đã vinh dự được Đại học Quốc gia Tp.HCM tin tưởng giao nhiệm vụ triển khai thí điểm Chương trình Tài năng ngành Công nghệ Thông tin nhằm nhằm tuyển chọn, bồi dưỡng, tạo điều kiện phát triển cho những sinh viên ưu tú có thể trở thành những nhà khoa học, các chuyên gia có trình độ chuyên môn cao, thông qua đó đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho khu vực và cả nước.
Hàng năm, khoảng 40 tân sinh viên với thành tích tuyển sinh cao nhất được xét tuyển vào chương trình.
3. Chương trình Tiên tiến
Chương trình đào tạo Tiên tiến ngành Khoa học Máy tính của Trường Đại học Khoa học Tự nhiên (ĐHQG-HCM) là một trong mười chương trình tiên đầu tiên được Bộ Giáo dục và Đào tạo phê duyệt và giao nhiệm vụ triển khai.
Chương trình đào tạo dựa trên chương trình đào tạo ngành Khoa học Máy tính của Đại học Portland State, Hoa Kỳ. Sinh viên sẽ được học trong môi trường giảng dạy hoàn toàn bằng tiếng Anh (trừ các môn KHXH, Giáo dục thể chất) với đội ngũ giảng viên đầu ngành, chuyên môn cao.
4. Chương trình Chất lượng cao
Với mục tiêu đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao, đáp ứng nhu cầu của các doanh nghiệp trong và ngoài nước, Khoa Công nghệ thông tin triển khai tuyển sinh chương trình đào tạo Chất lượng cao theo học chế tín chỉ, kiểm định theo tiêu chuẩn AUN-QA khóa đầu tiên vào năm 2013.
Chuẩn đầu ra của chương trình được xây dựng theo bộ tiêu chuẩn của CDIO, đảm bảo người học được trang bị đầy đủ kiến thức, kỹ năng và thái độ, đáp ứng nhu cầu xã hội khi tốt nghiệp. Chương trình được xây dựng cân đối dựa trên việc trang bị vững vàng kiến thức nghề nghiệp và phát triển kỹ năng cá nhân, kỹ năng mềm và ngoại ngữ, đảm bảo sinh viên khi tốt nghiệp có thể làm việc tốt tại các doanh nghiệp trong và ngoài nước hoặc học tập lên cao ở bậc sau đại học.
5. Chương trình Việt - Pháp
Chương trình liên kết đào tạo Cử nhân Công nghệ Thông tin với trường Đại học Claude Bernard Lyon 1 , Pháp.
Tham gia chương trình, sinh viên sẽ được tiếp cận với chương trình đào tạo tiên tiến, hiện đại theo tiêu chuẩn quốc tế. Sinh viên tốt nghiệp nếu hội đủ điều kiện sẽ nhận 2 bằng ĐH của 2 trường (ĐH Khoa học Tự nhiên và ĐH Claude Bernard Lyon 1), đồng thời có cơ hội học tập tiếp sau Đại học Chương trình liên kết đào tạo Thạc sĩ tại trường Đại học Khoa học Tự nhiên hoặc tại Pháp.